- Mikä on kaikkien DNA:n tutkimusmenetelmien taustalla oleva sääntö?
- Emäsparisääntö (A pariutuu T:n kanssa, G pariutuu C:n kanssa).
- Mikä on DNA:n tutkimuksen tyypillinen ensimmäinen työvaihe näytteen keräyksen jälkeen?
- DNA:n eristys näytteestä.
- Mikä työvaihe tulee heti DNA:n eristyksen jälkeen, kun DNA:ta on vähän?
- DNA:n monistus PCR:llä.
- Mikä työvaihe tulee monistuksen jälkeen, kun halutaan selvittää emäsjärjestys?
- Sekvensointi.
- Mikä on DNA:n tutkimuksen viimeinen työvaihe lajin tunnistamiseksi?
- Sekvenssin vertailu geenitietokantaan.
- Mitä DNA:n eristyksellä tarkoitetaan?
- DNA:n irrottamista soluista ja puhdistamista muusta solumateriaalista.
- Mikä on DNA:n eristyksen ensimmäinen vaihe?
- Solujen rikkominen, jotta DNA vapautuu soluista.
- Miten DNA saadaan erotettua liuoksesta eristyksen lopuksi?
- Sakkauttamalla se, usein alkoholin avulla.
- Miksi näyte on suojattava kontaminaatiolta?
- Jotta vieras DNA ei sekoitu näytteeseen ja vääristä tulosta.
- Mitä PCR (polymeraasiketjureaktio) tekee DNA:lle?
- Monistaa sitä eli tekee siitä paljon kopioita.
- Lukeeko PCR DNA:n emäsjärjestyksen?
- Ei. PCR vain kopioi DNA:ta; emäsjärjestyksen lukee sekvensointi.
- Miksi näytteen DNA yleensä monistetaan ennen tutkimista?
- Koska eristettyä DNA:ta on usein liian vähän tutkittavaksi sellaisenaan.
- Mikä entsyymi rakentaa uuden juosteen PCR:ssä?
- DNA-polymeraasi.
- Mitä alukkeet ovat PCR:ssä?
- Lyhyitä yksijuosteisia DNA-pätkiä, jotka rajaavat monistettavan alueen.
- Mitä vapaita nukleotideja tarvitaan PCR:ssä?
- Uuden juosteen rakennusaineeksi.
- Miten DNA-määrä muuttuu yhden PCR-syklin aikana?
- Se noin kaksinkertaistuu.
- Mitä PCR:n denaturaatiovaiheessa tapahtuu DNA:n juosteille?
- Kaksoisjuosteen juosteet erkanevat toisistaan (lämpötila nostetaan korkeaksi).
- Miksi DNA:n juosteet on erotettava PCR:ssä ennen monistusta?
- Jotta alukkeet ja DNA-polymeraasi pääsevät kiinnittymään yksijuosteiseen malliin.
- Mitä PCR:n annealing-vaiheessa (alukkeiden kiinnittyminen) tapahtuu?
- Alukkeet kiinnittyvät mallijuosteeseen emäsparisäännön mukaan.
- Mitä PCR:n pidennysvaiheessa (ekstensio) tapahtuu?
- DNA-polymeraasi rakentaa uuden juosteen liittämällä nukleotideja mallijuosteen mukaan.
- Minkä säännön mukaan uusi juoste rakentuu PCR:ssä?
- Emäsparisäännön (uusi juoste rakentuu mallijuosteen emäksiä vastaavaksi).
- Minkä ominaisuuden mukaan geelielektroforeesi erottelee DNA-palat?
- Palojen koon eli pituuden mukaan.
- Kumpaan suuntaan DNA liikkuu geelielektroforeesissa?
- Kohti positiivista napaa (DNA on negatiivisesti varautunut).
- Miten lyhyet DNA-palat liikkuvat geelissä pitkiin verrattuna?
- Lyhyet kulkevat pidemmälle.
- Miksi lyhyet DNA-palat kulkevat geelissä pidemmälle?
- Ne liikkuvat helpommin geelin huokosten läpi.
- Kertooko geelielektroforeesi DNA:n emäsjärjestyksen?
- Ei. Se vain erottelee palat koon mukaan.
- Mitä sekvensoinnilla selvitetään?
- DNA:n emäsjärjestys eli emästen järjestys.
- Mikä on sekvensoinnin lopputulos?
- Emästen järjestys (esim. ...ATTGCAT...).
- Mitä Sangerin menetelmässä tuotetaan tutkittavasta DNA:sta?
- Eripituisia DNA-ketjun palasia.
- Miten Sangerin menetelmän palaset erotellaan toisistaan?
- Koon perusteella.
- Miten kunkin palan päättävä emäs tunnistetaan Sangerin menetelmässä?
- Fluoresoivien värien avulla.
- Mikä on keskeinen ero PCR:n ja sekvensoinnin välillä?
- PCR kopioi DNA:ta, sekvensointi lukee sen emäsjärjestyksen.
- Mitä geenitietokanta sisältää?
- Tunnettujen emäsjärjestysten kokoelman eri lajeilta ja yksilöiltä.
- Miten laji tunnistetaan sekvensoinnin jälkeen?
- Vertaamalla saatua sekvenssiä geenitietokannan tunnettuihin sekvensseihin.
- Mitä tietokantatäsmäys osoittaa?
- Että näyte on peräisin siitä lajista tai yksilöstä, jonka tunnettuun sekvenssiin se täsmää.
- Mihin DNA-tunnistuksessa hyödynnetään geenien ulkopuolisia toistojaksoja?
- Yksilöntunnistukseen, koska toistojaksojen määrä vaihtelee yksilöittäin.
- Mitä geenitesti tutkii yksilön DNA:sta?
- Tietyn geenin tai alleelin (esim. sairauteen liittyvän alleelin).
- Mitä ympäristö-DNA (eDNA) on?
- Ympäristönäytteestä (esim. vedestä tai maasta) eristettyä eliöiden jättämää DNA:ta.
- Mitä ympäristö-DNA:n avulla voidaan selvittää?
- Mitä lajeja alueella on, ilman että eliöitä itse havaitaan.
- Mikä on ympäristö-DNA:n keskeinen etu perinteiseen lajien etsintään verrattuna?
- Sillä voidaan tunnistaa lajeja, joita ei silmämääräisesti löydettäisi.
